FPDFで出力したPDFを印刷したときに、フォントが違うので悩まされました。
Windowsだと、近いフォントで出力されますが、Macだと少し違うフォントで出力されます。
と、言うかインストールされているフォントによって異なります。
調べた結果、印刷するときにはコンピュータにインストールされているフォントが使われいるみたいです。
PDFで表示されているから、そのまま印刷されるだろうと思ってました。

原因は、FPDFで出力したPDFのフォントがコンピュータにないからです。
FPDFのjapanese.php内のフォント指定が“KozMinPro-Regular-Acro”となっています。
これは、標準での設定だったと思います。
これを、“KozMinPr6N-Regular”に変更すると表示と同じ印刷結果になりました。

この”KozMinPr6N-Regular”というのは、Adobe Reader Xに組み込まれているものですが、バージョンが上がると変わるかもしれないので注意が必要です。