PHPでWEBサイトを構築したときに一番頭を抱えるのがSEO対策についてです。
システムとして成立しないといけない上に、SEO的に有利なサイトを構築しないと無意味です。
特にショッピングカートシステムなんかは、集客の為にSEO対策が必須なのでかなり頭を悩まされます。

PHPでWEBサイトを構築したらURLにhttp://www.sample.com/sample.php?a=100&b=abcとなってしまうことがありますよね。
これは、SEO的には不利だと言われています。
なので、一般的にはhttp://www.sample.com/100/abc/sample.htmlのURLからrewriteしていることが多いのではないかと思います。

しかし、調べてみると事実は違っていました。

｢動的URLも静的URLと同様に扱う｣ – Google Matt Cutts氏

まさに、目からうろこと言った状態。
果たしてこの真意がどうなのかは知る術がないので、一概にURLをそのままにするはどうかと思いましたが、とりあえずこういうこともあるのだと頭に置いておくと気休めにはなるのではないかと思います。