MySQLには複数のストレージエンジンが選択できます。
その中で代表的なものが「MyISAM」「InnoDB」「HEAP」の三つだと思います。

それぞれに特徴があります。
まず、「MyISAM」について。
MySQL独自の形式であり、MySQLの特徴である軽快で高速な動作をするという所以のエンジンです。
ただ、速度を重視するためトランザクションをサポートしていません。
一般的には、参照テーブルなどに利用されていると思います。

次に、「InnoDB」。
このエンジンはMyISAMとは異なり、トランザクション、参照整合性制約、行レベルロック、インスタンス障害時の自動リカバリなどを
サポートしています。Oracleの表と似ています。
ただし、速度的には低速になります。
また、ディスクの容量についても、MyISAMより多くの容量を必要とします。

最後に、「HEAP]ですが、私もあまり使わないエンジンなので語弊があるかもしれません。
最大の特徴は、すべてのデータがメモリ上でのみ扱われます。その為、非常に高速です。
そのかわり、TEXT型やBLOB型などの列長の長いデータは使用できませんし、トランザクションもサポートしていません。
また、メモリ上での扱いと言う点からインスタンスの停止によってデータが消失します。

それぞれのエンジンに特徴があるので、データベース設計時には必要なエンジンを選択する必要があります。
※ここで言うエンジンの高速・低速という表現は一般的な表現ですが、システムの構築・データによっては逆になる場合があります。