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MySQLで処理時間の長いクエリを実行すると・・・

MySQLって軽快な動作で、検索が早いと評判ですがどうしてもレコード数の増加、並び替えの必要な場合など、処理によっては異常に処理時間が長くなることはないですか?
処理時間の長いクエリは、システムとしては欠陥クエリなんですけど、そこは置いておいて。

ORDER BY句で並び替えをした場合のSQL文をExplainで確認してみると、ExtraにUsing filesortという表示が出た場合の話です。
この表示が出た場合、SQLクエリの処理に時間がかかります。レコード数に比例して。
とあるシステムで、検索に失敗することがありました。
開発環境ではレコード数が少ないので異常はなかったのですが。
「Got error 28 from table handler」が表示されます。

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